Sultan IV. Murat döneminde Osmanlı İmparatorluğu, Bağdat’a sefere çıkar. Malatya, Bağdat’a giden yollar üzerinde bir menzildi. Fırat’ın üst yakasında kurulmuş şehir, eski çağlardan beri kervan yollarının tam kavşağındaydı. Doğudan batıya, kuzeyden güneye nereye gidecek olursanız olun Malatya’dan geçmeniz gerekiyordu.
Sultan Murad’ın emriyle Bosnalı Silahtar Mustafa Paşa, Malatya’da bir kervansaray yaptırmaya karar verdi. Mustafa Paşa’nın Malatya’ya özel bir sevgisi vardı, Malatya Bosnalı Paşanın gönlünde ayrı bir yer tutuyordu. Çünkü Malatya bir zamanlar zulümden kaçıp buralara kadar gelen Bosnalı Paşanın atalarına kucak açmış, o da bu öykülerle büyümüştü. Silahtar Mustafa Paşa, yaptıracağı eserle atalarının ruhunun şad olmasını ister.
Bugünkü Bosna coğrafyasında yaşayan insanlara o dönemde ‘Bogomil’ deniyordu. Bosnalı Bogomiller, çevrelerinde yaşayan diğer topluluklardan farklı inançlara sahiplerdi. Bu inanışları yüzünden zulme uğradılar. Hiçbir ülke onlara sahip çıkmadı. O dönemin Malatya yöneticileri, onlara kucak açar. Yerlerinden yurtlarından kaçıp Anadolu’nun ortasında bulunan hoşgörü ikliminin hakim olduğu Malatya’ya sığınırlar. Malatyalılar, bu temiz kalpli, kendi halinde insanlara kapılarını açarlar. Tüm misafirperverliklerini ortaya koyarak onları inançları ve kültürleri ile baş başa bırakırlar. Bogomiller, Malatya’da uzun yıllar barış içinde buradaki insanlarla birlikte yaşamışlardır. Eski yurtlarında şartların değişmesinden sonra yeniden vatanlarına dönerler.
Çağlar sonra 1990’lı yıllarda Avrupa’nın ortasında Bosna coğrafyasında, inançları farklı olduğu için insanlar yeniden katliama uğradılar.
Mustafa Paşa, Eski Malatya’nın Alacakapı mahallesinde beş dönüme yakın bir arazide kervansarayı kurdurmaya karar verir. Burası Tohma, Fırat boyunca gelen kervanların geçtiği ve konakladığı güzergah üzerinde bulunmaktadır. Bu iş için Muslu Ağa isimli birini görevlendirir. 1636’nın Şubat ayında kervansarayın temeli atılır, 18 Aralık 1637’de yapımı tamamlanır. Muslu Ağa, Malatya Kadısı Abdulkadir bin Mahmut’a müracaat ederek “memur ve mutemedi olduğum Hanın binası tamam oldu” der. Osmanlı belgelerine göre Han, 3 milyon 564 bin 650 kuruşa mal olmuştur. Malatyalılar bugün de Kervansaraya, Muslu Ağa gibi, Han diyorlar.
Han bittikten bir süre sonra, 1639’da, savaş sona erdi. Hanın yapılma amacı sefere çıkan askerlerin konaklamasını sağlamaktı. Osmanlı askerinin Bağdat’a varmadan soluklanacağı, dinleneceği bir mekan oldu. Savaş bitince kervansaray asıl işlevine, yani kervanlarla veya müstakil olarak şehir şehir, ülke ülke dolaşan tüccarların, seyyahların yatıp kalkacağı, kendisinin, hayvanlarının ihtiyacını karşılayacağı işleve, uygun kullanılmaya başlandı. Silahtar Mustafa Paşa Kervansarayı, savaşta askere, barışta tüccara, gezgine yuva olmuştur.
Anadolu misafirperverliği, Tanrı misafirlerini yolda ayazda, aç, susuz bırakacak değildi. Kervansarayda gariban da, başına bir iş gelip malını mülkünü yitirmiş olan da, üç gün karşılıksız ağırlanırdı. Bu sürede hem kendisinin hem de hayvanlarının ihtiyacı giderilirdi.
Silahtar Mustafa Paşa Kervansarayı, sadece konaklama yeri değil, tümüyle alışveriş merkezi hizmeti verecek şekilde inşa edilmişti. Hanın girişinde berber, fırın, demirci, nalbant gibi dükkânlar vardı. Geniş ve büyük avluya kervanların malları indirilir. Burada pazar kurulur. Malatyalılar gelip alışveriş yapar. Tüccarlarla iş bağlantısı kurar, kendi ürünlerini de satarlardı. Ayrıca Tatar denilen atlı postacılar da burada konaklardı. Girişin üst katında mescit, alt tarafta ise abdest alınacak yerler vardı.
Bu handa farklı dünyalardan gelen insanlar birbirleriyle tanışırdı. Her şey ticaret değildi elbette. Belki bir söğüt, belki bir dut ağacının altında kahveler içilir, ikramlar yapılır, sohbete girişilirdi. Konuklar, başka diyarlardan haberler getirirdi. Kendi topraklarının öykülerini anlatır, türkülerini dillendirirlerdi. Malatya’da duyup gördüklerini ise kendi yurtlarına taşırlardı. Böylece bir haberleşme ortamı oluşurdu
Kervansaray yazlık ve kışlık denilen iki bölümden oluşuyordu. Sıcak yaz mevsiminde avluda, avluyu çevreleyen saçakların altında uyunurdu. Daha varlıklı olanlar için kışlık bölüme yapışık odalar vardı. Bu odalar kışın da kullanılabilirdi ama asıl kışlık bölüm gayet geniş yapılmış, sekilerle yükseltilmiş, duvarlara ocaklar yapılmıştı. Yolcular, buralarda ateş yakarak yemeğini pişirebilir, ısınabilirdi.
Malatya zamanla terk edilip Eski Malatya olmaya doğru değişim geçirirken, kervansaray kullanılmaz, bakımsız kalır.
Yakın tarihlerde yapılan restorasyonla tekrar ayağa kaldırıldı. Bosnalı Mustafa Paşa’nın adını taşıyan bu şirin mekân, günümüzde sanat faaliyetlerinin yürütüldüğü turistik bir mekân olarak bizlere hizmet vermeye devam ediyor